Entro 60 giorni dalla presentazione della domanda, il responsabile del procedimento esegue l'istruttoria ed acquisisce i pareri necessari, formulando una proposta di provvedimento. Il termine dell'istruttoria può essere raddoppiato per progetti particolarmente complessi su motivata risoluzione del responsabile del procedimento. Il permesso è rilasciato dal dirigente entro 30 giorni dalla proposta del responsabile del procedimento.
Decorso inutilmente il termine di 90 giorni complessivi per l'adozione del provvedimento conclusivo, la domanda si intende accolta (c.d. silenzio-assenso).
Se l'immobile è interessato da vincoli ambientali, paesaggistici o culturali il procedimento viene concluso con l'adozione di un provvedimento espresso; se sussiste parere negativo dell'Ente preposto alla tutela del vincolo, viene comunicato al richiedente il diniego della domanda.
Il termine per l'istruttoria è interrotto entro 30 giorni se viene effettuata, dal responsabile del procedimento, la richiesta di documenti ad integrazione della documentazione presentata e ricomincia a decorrere per intero dalla data di invio della documentazione. Lo stesso termine può essere sospeso nel caso in cui il responsabile del procedimento richieda modifiche di modesta entità rispetto al progetto originario.